這是一個怪獸如日常般威脅人類的世界。日比野卡夫卡原本立志加入「日本防衛隊」，卻放棄夢想，在怪獸清掃公司工作。與他一同發誓「兩人一起消滅所有怪獸」的髮小亞白米娜已經成爲第三部隊隊長大顯身手，再加上遇到了想要加入防衛隊的後輩市川萊諾，以此爲契機，卡夫卡再次開始追逐夢想。