在孤兒院長大的男高中生志願是京都大學的醫學院，有一天他被通知到了需要離開孤兒院去別家借住的年紀，本來希望有一個可以讀書的環境，但生存的條件卻是「以女婿的身份接任神社」？不相信神一心學醫的他和神社家三位性格各異的巫女小姐姐同住一個屋簷下，等待他們的是新的化學反應還是神明的奇蹟？