故事發生在東京八丈島近海,一座將全球各地警方監控相連接的高科技設施——「太平洋浮標」即將啓動。爲了與歐洲刑警組織管轄的範圍聯網,來自世界各地的工程師聚集在這裡。基於人臉識別的全新「黑科技」也正在測試中…… 與此同時,柯南一行人前往八丈島觀鯨,途中柯南接到沖矢昴(赤井秀一)的電話,被告知歐洲刑警組織成員在德國遭到琴酒的殺害。爲調查真相的柯南潛入「太平洋浮標」。正當工程師們正在爲系統啓動而展開準備工作時,一樁案件突然發生!一名女工程師被黑暗組織綁架,她手中存有核心技術的U盤也落入了黑暗組織手中! 此時,水下傳來未知潛水艇逼近的聲音, ...