影片根據迪士尼樂園遊玩項目「叢林巡航」改編，故事發生在野心家與探險家並起的上世紀初，勇敢無畏的女科學家莉莉·霍頓博士（艾米莉·布朗特 飾） 來到亞馬遜尋找有治癒魔力的神樹，並僱傭了玩世不恭的弗蘭克船長（道恩·強森 飾）開啓探險。在這史詩般的冒險途中，看似不對盤的兩人在茂密雨林中遭遇了無數的危險和超自然力量。但隨著這棵神奇古樹的祕密逐漸揭開，莉莉和弗蘭克的命運，乃至整個人類的命運都岌岌可危。