亨利·戈爾丁飾演一名因背負了複雜過去而隱忍的獨行者,代號蛇眼。一次偶然,他救下了嵐影一族的准接班人,從而被邀請加入他們在日本的組織。在那裡,嵐影一族不但教會了蛇眼如何成爲一名忍者,也給了他一直想要的一個家。但當蛇眼過去的祕密被逐漸揭開,他的信譽以及對組織的忠誠也將受到考驗,即便這會使他會失去最親近的人的信任。特種部隊原著中的經典角色也將在《特種部隊:蛇眼起源》中一一亮相。