1939年，德國以閃電戰突襲波蘭，迅速侵占波蘭大部分領土。美麗善良的安東尼娜和丈夫揚·扎賓斯基博士經營的動物園因爲德軍的轟炸損失慘重，同時還面臨著停業的風險。隨著德軍的大舉攻占，波蘭的猶太人遭到驅趕。安東尼娜不忍朋友背井離鄉，於是與揚商議將她藏在動物園。在目睹衆多猶太人的悲慘遭遇後，揚決定將動物園作爲猶太人的臨時藏身之所。夫婦二人找到身爲德國軍官的故交盧茨·赫克幫忙。身爲動物學家的赫克也正欲利用動物園的美洲野牛試圖繁育已經絕種的歐洲野牛，於是欣然同意他們以爲德軍提供豬肉的名義將動物園改爲養豬場繼續經營的想法。揚藉由從猶太人聚集區運輸草料救出一批又一批的猶太人。安東尼娜將這些猶太人安置在空蕩蕩的獸欄，每當夜幕降臨，這些猶太人便走出黑暗，一同用餐、交談。戰爭愈演愈烈，愛國心切的揚加入華沙救國軍，在戰鬥中受傷被俘，生死未卜，下落不明。身單力薄的安東尼娜獨自撫養一雙兒女並掩護著猶太人撤離。戰爭結束，安東尼娜和揚回到動物園，與朋友們共同重建他們的家園。