進入了明治時代,曾經的「劊子手拔刀齋」緋村劍心(佐藤健 飾)已經習慣了神谷道場的安寧生活。誰知就在這一天,倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三傑之一的大久保利通(宮澤和史 飾)將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實(藤原龍也 飾)當年被新政府背叛,僥倖活下來的志志雄正祕密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死後,深感背負不可推卸責任的劍心隻身上路,在途中不僅偶遇京都女忍卷町操(土屋太鳳 飾),還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。與此同時,相樂左之助(青木崇高 飾)、神谷薫(武井咲 飾)、明神彌彥(大八木凱斗 飾)、齋藤一(江口洋介 飾)也相繼趕往京都。陰雲密布的時代,醞釀著一場席捲全國的風暴…… 本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編。