故事發生在二十一世紀初葉，全球氣候持續變暖，融化的冰山淹沒了大部分陸地，與此同時，名爲「霧之艦隊」的戰艦羣從天而降占領了海域，人類的生存空間逐漸遭到蠶食。千早羣像（興津和幸 配音）是一名士官候補生，某日，一艘名爲「伊401」的潛水艇出現在了她的面前。就這樣，羣像成爲了潛水艇的駕駛員。 皮膚黝黑大大咧咧的橿原杏平（宮下榮治 配音）、溫婉可人足智多謀的八月一日靜香（東山奈央 配音）、帶著面具十分神祕的織部僧（松本忍 配音），活潑可愛身手敏捷的四月一日伊織（津田美波 配音），一羣懷抱著拯救人類之重大理想的戰友們聚集到了潛水艇之中，爲了奪回本該屬於人類的領地和敵人展開了激烈的戰鬥。