自2002年X檔案的六年後，前聯邦探員丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）調任某教會醫院擔任醫師，福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）則過著隱居的生活，繼續著對超自然現象的關注。某天，FBI探員前來請求他們的幫助。原來一段時間內，維吉尼亞州接連有數名女子神祕失蹤，其中甚至包括一名聯邦探員。由於神父約瑟夫（Billy Connolly 飾）聲稱看到了犯罪畫面，因此FBI希望對超自然案件有著豐富經驗的穆德和斯科莉協助調查。然而隨著調查的深入，穆德和斯科莉卻發現案件的黑暗遠遠超出他們的想像。這對合作多年的搭檔面臨著巨大的考驗…… 本片爲同名美劇的第二部劇場版。