賽菲羅斯的事件已經過去2年了，人類從巨大隕石的災難之下逃脫。曾經繁榮的都市雖然滿目瘡痍，但人們已經開始投入重建家園的工作之中。而拯救世界的英雄克勞德，卻過著與世隔絕的生活。 但是，神祕的疾病「星痕症候羣」在世界蔓延。蒂法•洛克哈特決定找尋克勞德。但當她找到克勞德之時，眼前這個人，只是一個爲艾利斯之死鬱鬱寡歡的落魄男子。 以繼承賽菲羅斯的遺志而組成的白髮三人組出現在人們眼前，文森特不得不再次揮動雙槍，保護大家。而世界的英雄，克勞德，能否再次振作，守護這個世界呢？