正在調查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛隊二尉有動貴文(大澄賢也),遇到了突然出現的藍光,受發光體的影響,導致遺傳因子標準的變質,變成了兇惡的怪獸THE ONE。之後,他(THE ONE)從防衛廳內的特殊機關BCST(對生物工程學的研究機關)的監視下逃走,從此就沒了音訓。 另一方面,航空自衛隊F15J飛行員真木舜一(別所哲也),爲了多點時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最後一次飛行中真木與「紅色發光體」在空中相遇。這是the one事件後3個月發生的事情。但是真木奇蹟般地生還,然後轉職成爲了民航機飛行員,展開了新生活。 ...