第二集中,尼奧(基努·里維斯 Keanu Reeves 飾)沒有能從內部摧毀「母體」,他的身體在真實世界的飛船上陷於昏迷,思想卻被困在介於「母體」和真實世界的中間地帶,這個地方由「火車人」控制。墨菲斯(勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾)和崔妮蒂(凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾)等人知道了尼奧的情況,在守護天使的帶領下, 找到了「火車人」的控制者梅羅紋奇,經過一番激鬥,將尼奧救了出來。 此時,電子烏賊部隊對錫安發起了猛烈的攻擊,人類組織所有機甲戰士展開頑強的抵抗,形勢危在旦夕;尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難,到達機器城市, ...