故事發生在第一部的四年之後,此時特警K(湯姆•李•瓊斯 飾)已經退休,成爲一名普通的郵局局長,而J(威爾•史密斯 飾)則繼續從事MIB的工作。 卡洛瑟星邪惡女王蛇蓮娜來到地球需找宇宙能量「薩塔之星」,占領了MIB的總部。而當年逃亡到地球的薩塔公主蘿娜曾請求MIB把 「薩塔之星」藏在地球,全面負責這件事情的K爲了地球的安全,拒絕了她。 面對來勢洶洶的蛇蓮娜,MIB派J去尋找k,調查當年事件的真相,怎樣說服失去記憶的K相信外星人的存在,成了J面臨的第一個難題……